La diffusion de la deuxième saison de Prison Break a débuté le 21 août 2006 aux États-Unis et au Canada37. En France, le premier épisode a été diffusé en avant-première le 8 novembre 200638. La saison entière est projetée à partir du 13 septembre 2007 à 20h50.
L'histoire commence quelques heures après l'évasion de la prison de Fox River et se concentre sur les principaux fugitifs. De nouveaux personnages sont introduits, tel l'agent fédéral Alexander Mahone (William Fichtner), qui est chargé de traquer et de capturer les huit évadés. Le créateur du feuilleton Paul Scheuring décrit cette deuxième saison comme « "The Fugitif" times eight » (« Le Fugitif multiplié par huit ») et la compare à la « second half of "The Great Escape" » (« seconde partie de La Grande Évasion »)18. Les fugitifs poursuivent leur voyage à travers les villes des États-Unis en ayant constamment les autorités à leurs trousses tandis que chacun poursuit son propre objectif. Pendant ce temps, l'histoire autour de la conspiration se développe, les membres du Cartel continuent leur plan pour trouver et éliminer Lincoln Burrows ainsi que tous ceux qui se mettent en travers de leur chemin. La majeure partie de l'intrigue concernant la conspiration se termine dans les derniers épisodes de cette saison39.